Ocorreram várias intervenções no sentido da atualização das teses. Foram aprovadas emendas supressivas e inclusões que serão trabalhadas por uma comissão de redação e incorporadas às teses.
Algumas polêmicas tomaram corpo no Congresso durante o debate das teses. Entre elas, a que mais se destacou no início dos trabalhos foi a que discutiu a incorreção da estratégia do Partido Comunista que levou grupos ao amadorismo e improviso na luta armada. Alguns congressistas entendiam que estava-se denegrindo a imagem destes heróicos companheiros. Outros tinham o entendimento de que esta ação fora fruto da estratégia incorreta do Partido Comunista que estava sendo analisada. No entanto, para se estabelecer melhor entendimento foi aprovada uma emenda aditiva “apesar do heroísmo e idealismo moral dos grupos que se passaram à luta armada”, o improviso e amadorismo…
Outro momento de discussões acaloradas foi quando a tese analisa a crise do Movimento Comunista Internacional, e posterior ao XX Congresso do PCUS (em 1956), no ponto onde se levantam as denúncias sobre os erros de Josef Stálin…
Uma posição se expressou no sentido de que o texto estava exprimindo valor e julgando a ação de Stálin. Outra posição se colocou no sentido de que a tese fazia um levantamento histórico da manifestação da crise do MCI. O Congresso decidiu-se por uma emenda inclusiva da palavra “supostos” antes da palavra “erros”.
Outra polêmica se instaurou em torno de Stálin, quando as teses levantam as incorreções das análises sobre a desestruturação da URSS que superficialmente atribuem-se a um único fator.
Uma posição novamente se levantou no sentido de que se valorava o papel de Stálin. No entanto, o Congresso entendeu que se analisavam as diversas teses sobre a desestruturação e não se emitia valor, logo o texto foi mantido.
Outra polêmica levantada foi em torno da análise das teses sobre a crise do Movimento Comunista no Brasil e fundamentação desta. Mais precisamente no ponto onde se destaca que a crise se manifestou na degenerescência teórica e prática dos agrupamentos que compõem o MCB. Houve a proposta de supressão do trecho que listava e relacionava os agrupamentos dentro da análise de degenerescência teórica e prática. Uma posição se colocou no sentido de que a comprovação era difícil, quanto ao maior ou menor grau de degenerescência teórico ou prático. Outra posição se levantou de que todo o tempo de estudo, bibliografia, análise e inserção no movimento abalizavam a análise, logo defendia a manutenção. O Congresso em sua maioria votou pela manutenção do texto. E alguns companheiros ex-integrantes destes movimentos concordaram com a análise.
Um outro momento polêmico, que mereceu destaque, foi quando em continuidade de análise da crise do MCB (Movimento Comunista Brasileiro), as teses levantam o chauvinismo que se refletia nas práticas de partidos como o PC do B e dos agrupamentos que se juntaram dentro do PT (que pretendiam transformá-lo em menos de 15 anos em um partido revolucionário). Quanto à expressão “da velha corrente chauvinista”, uma posição defendia que esta parte do texto fosse suprimida, pois entendia que este era um documento que deverá ter ampla circulação e que o texto com esta terminologia ofensiva, dificultaria o relacionamento entre os nossos camaradas e os membros destes partidos. Outra posição defendeu que não havia nada de ofensivo, pois o que estava havendo era um erro de interpretação da terminologia. A expressão chauvinista se refere à velha corrente social-democrata que desde o século passado muda de pele pregando a conciliação de classes. Deste modo, a análise contida nas teses era respaldada pelos materiais e pronunciamentos destes partidos. O Congresso em sua maioria votou na manutenção do texto.
Uma última polêmica que se instalou no último dia do Congresso foi em cima da questão dos Estatutos.
Uma proposta de estatuto veio nas pastas dos congressistas e outra proposta foi distribuída na plenária. A mesa do Congresso definiu que a proposta que estava na pasta deveria ser utilizada como guia. Por desinformação, um membro da Comissão de Organização sentiu-se golpeado com a outra proposta de estatuto. Foi esclarecido que regimentalmente as duas deveriam ter sido apresentadas no plenário, pois nenhuma havia sido apresentada à comissão de organização no prazo previsto. Dado o início da discussão dos estatutos, voltaram as polêmicas em torno da proposta apresentada no plenário, que se propunha como emenda. Não havendo acordo entre os que assumiram as propostas de estatutos, foram então apresentadas ao plenário como propostas diferentes.
A principal polêmica que se manifestou neste ponto, foi a questão dos dois centros, que já fora objeto de discussão na I Conferência, respondida pelo Movimento 5 de Julho através da publicação do Enigma da Esfinge.
A defesa da proposta 1 foi no sentido de que esta era uma melhor proposta; pois não via-se a necessidade dos dois centros; de que a proposta 2 era uma cópia mecânica dos estatutos de Lênin; de que os tempos são de democracia e abertura.
A proposta 2 recebeu a defesa no sentido de que além do resgate histórico da refundação, a proposta de estatuto continha a questão dos dois centros, da formação de quadros na divisão do trabalho e de que o PCML se constitui num movimento contrário à Ordem Burguesa (ataca a propriedade privada) e que vivemos uma falsa democracia.
O Congresso votou, em sua maioria, na proposta de número 2.